Денатурирующий градиентный гель-электрофорез

На чем основан процесс: разделение фрагментов ДНК одного размера, но отличающихся качественно (по нуклеотидам). Основан на зависимости свойств плавления (или денатурации) небольших двухнитевых молекул ДНК от их нуклеотидной последовательности, а точнее - от соотношения А-Т- и G-C-пар в исследуемых фрагментах. Объясняется это тем, что G-C-связь более прочна по сравнению со связью между нуклеотидами А и Т. Градиент денатурации достигается разницей температур, различной концентрацией мочевины или формальдегида в гелях. При этих условиях одинаковые по величине двухнитевые молекулы ДНК, отличающиеся по нуклеотидной последовательности, денатурируют по-разному.

Зачем нужен:
анализ сообщества
анализ точковых мутаций

Денатурирующие агенты: мочевина и формамид. Также есть метод, основанный на температурном градиенте (ТГГЭ). Когда молекула денатурирует, то останавливается в геле.

Необходимым является добавление на каждый фрагмент ГЦ-шпильки.Такие монотонные тугоплавкие концы выполняют роль своеобразных зажимов и резко увеличивают шансы обнаружения всех точечных мутаций, независимо от их локализации внутри исследуемого фрагмента ДНК. Эта модификация делает метод очень чувствительным.При исследовании фрагментов до 600 п.о. эффективность выявления мутаций этим методом достигает 95%.